通勤交通費は、使用者に支払い義務のあるものではありません。ですので、有給休暇期間に対して必ずしも支払う必要は生じません。一方、労働基準法、附則第 134条では、「使用者は、第39条第一項から第三項までの規定による有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取り扱いをしないようにしなければならない。」と定められています。ですので、交通費が賃金の一部として月額一定の賃金額として支払われているのであれば交通費を支払わないとすると上記の条文に触れる可能性が出てきます。

問題なく対応するためには、あらかじめ就業規則で、通勤交通費は出勤した日に対してのみ支払う旨を明記されておかれることをおすすめします。通勤交通費は、法的に義務付けられたものではないため、会社の「規定」が重要になります。

次に、「定期を買っていた」ことについてですが、こちらも会社の規定に従うことになります。就業規則等で、通勤交通費は出勤日に対してのみ支払われることが明記してあれば、それを確認せずに「買ってしまった」のは本人の問題ですので、そのまま使うなり、払い戻しをするなりご本人が対応されることで、買っていたからといって会社が支払う必要は無いと言えるでしょう。

今回お尋ねの件については、就業規則等の規定に定めておくこと、また、規定はいつでも従業員が閲覧できる状態にしてあれば、無用のトラブルを回避できるかと思います。

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